Музей начал свою историю с первого предмета — вымпела, принятого в фонд музейной комнаты «Страницы истории» Северного морского пароходства в 1970 году. Сегодня музей располагает музейным теплоходом «Коммунар», пришвартованным у музейного причала Красной пристани.
В его стенах прошли сотни выставок и тысячи экскурсий. Здесь трудились талантливые сотрудники, которые собирали и берегли экспонаты, изучали их и рассказывали о морской и речной культуре и истории.
Музей воспитал множество специалистов, которые сегодня работают в разных сферах. Они приводят своих детей в музей и активно сотрудничают с учреждением, помогая пополнять фонды.
В честь юбилея в «Ночь музеев» 17 мая откроется новая выставка под названием «Камера хранения 055». На выставке будут представлены материалы, рассказывающие об истории музея и здания, построенного на фундаменте первого морского вокзала Архангельска.