Среди вузов-партнёров САФУ — Южно-Казахстанский педагогический университет им. Узбекали Жанибекова, Казахский национальный университет им. Аль-Фараби и университет им. Жумабека Ахметулы Ташенева.
С 2017 годаСАФУ знакомит казахстанские вузы и абитуриентов со своими образовательными программами. Университет проводит встречи с представителями посольства России в Казахстане и руководством представительства Россотрудничества в Астане, организует презентации образовательных программ.
На сегодняшний день в САФУ обучаются девять граждан Казахстана. Они проходят подготовку по различным направлениям, включая горное и нефтегазовое дело, преподавание русского языка, педагогическое образование, культурологию, юриспруденцию и другие.
С 2021 года САФУ и казахстанские вузы реализуют совместную программу «двух дипломов» уровня магистратуры по направлению «Преподавание русского языка и литературы» с Южно-Казахстанским педагогическим университетом. Программа даёт студентам возможность получать дипломы двух вузов одновременно.
В марте 2025 года делегация САФУ приняла участие в образовательной выставке-презентации «Учись в России» в Русском Доме в Астане. Вместе с 42 российскими вузами САФУ представил свои программы более чем 3500 абитуриентам и их родителям.
Коллеги из Казахстана отметили востребованность магистерских программ САФУ, особенно направлений, связанных с цифровыми технологиями в языковом образовании. Это открывает новые перспективы для сотрудничества, подчеркивает начальник отдела международного образования управления международного сотрудничества САФУ Екатерина Шиман.