Музей был открыт в 2005 году в здании, построенном во времена промышленника Саввы Мамонтова на участке железной дороги Вологда — Архангельск. Тогда был отремонтирован только флигель, и экспозиции разместили на первом этаже.
Через 18 лет благодаря госпрограмме КРСТ на капитальный ремонт музея было выделено около 24,3 млн рублей. В результате ремонта произошли кардинальные изменения: на кровле восстановили утраченные архитектурные элементы, крышу обшили фланцевым железом, обновили фасад. Теперь внешний вид учреждения соответствует концепции исторического квартала города.
Внутренние помещения также обновлены: заменены двери и окна, на втором этаже оборудованы выставочные залы и рабочие кабинеты, которые ранее не использовались. Отремонтированы системы электроосвещения, отопления, водоснабжения и водоотведения, а также полностью восстановлен флигель. Для создания доступной среды установлен гусеничный электроподъемник и оборудована санитарная комната для маломобильных групп населения.
— В этом году преображение музея продолжается. Активисты ТОС «279-я верста» устанавливают металлическое ограждение и уличное освещение в рамках инициативы «Без забора дом не дом», которая стала одним из победителей нашего проекта «Комфортное Поморье», — сообщил в социальных сетях губернатор Архангельской области Александр Цыбульский.
В конце прошлого года в «Доме Няна» также открылось новое выставочное пространство — мастерская художника Ю. М. Шаблыкина. Благодаря победе Няндомского ресурсного центра «Делаем вместе» в грантовом конкурсе Губернаторского центра «Вместе мы сильнее» в помещении был выполнен качественный ремонт. Теперь здесь проходят встречи с художниками, работают кружки и проводятся экскурсии. Но самое главное — появилось хранилище для картин, сообщает пресс-служба губернатора и правительства Архангельской области.