Церковь, которая является объектом охраны культурного наследия народов РФ Федерального значения, была установлена под охрану ещё в 1960 году.
Деревня Чухчерема славится своей исторической и духовной значимостью в этом крае. Именно здесь, на высоком берегу Северной Двины, в 14-15 веке был основан Николо-Чухченемский монастырь, впоследствии включенный в состав Троице-Сергиевской лавры. В XVII веке здесь был построен каменный Никольский собор. От этого собора остался лишь покрытый дерном белокаменный фундамент на обрыве. Церковь Василия Блаженного и колокольня были единственными сохранившимися постройками в Чухчереме.
Рядом, через реку, находится каменный Спасо-Преображенский собор XVII века, который уже многие годы находится в аварийном состоянии.