Необходимость создания государственного заказника вызвана, как сообщает пресс-служба Минприроды РФ, прежде всего, негативными изменениями природы архипелага: сокращением численности морских животных и птиц и даже исчезновением целых биологических видов растений и животных из-за вмешательства человека. По той же причине в последние годы отмечено значительное ухудшение лесных экосистем островов.
Создание на Соловках заказника инициировано федеральным правительством в рамках комплекса мер, направленных на сохранение духовного, культурного и природного наследия Соловецких островов и соответствующего поручения президента страны.
В письме министра о проекте постановления о создании на Соловках федерального заказника отмечается, что новое предприятие никоим образом не будет мешать религиозной деятельности на архипелаге, поскольку решение принималось при непосредственном участии юристов Московской патриархии. Наоборот, заказник должен «способствовать аутентичности и сохранению особого духовного климата» Соловецкого монастыря.
Зато, как отмечает Сергей Донской, природа островов от этого только выиграет — государство намерено помочь монахам сохранять уникальную био- и гидросферу архипелага и пресекать возможное браконьерство и иные правонарушения в сфере природоохраны.
Уже проведены общественные слушания и получено положительное заключение государственной экологической экспертизы Росприроднадзора. Также соблюдены все необходимые согласования с федеральными министерствами обороны, экономического развития, юстиции, финансов, транспорта и сельского хозяйства, а также с ФСБ, Росводресурсами, Роснедрами и правительством Архангельской области, в чьей юрисдикции находится территория архипелага.
По сообщению министерства природных ресурсов, территория будущего заказника составит примерно 131 тысячу гектаров, в которые будут включены и прилегающая акватория Белого моря шириной в три морские мили, и островные леса. В состав заказника не будут включены земли, прилегающие к посёлку Соловецкому, иных населенных пунктов вместе с монастырскими участками, акватория сектора рассевания стоков, которые пока лишь в проекте, и фарватера в бухте Благополучия.